Soutenance de thèse
Boujour,
J'ai le plaisir de vous inviter à ma soutenance de thèse intitulée:
"Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes",
Devant le jury composé de:
- Dr Alain Guénoche, CNRS, Université Aix-Marseille II, Rapporteur
- Dr Richard Lavery, CNRS, Université Lyon, Lyon, Rapporteur
- Pr Guillaume Beslon, Université Lyon, Lyon, Examinateur
- Pr Martin Weigt, Université Pierre et Marie Curie, Paris, Examinateur
- Pr Alessandra Carbone, Université Pierre et Marie Curie, Paris, Directrice de thèse
Vous êtes également invités au traditionnel pot de thèse (celui-ci est composé de saveurs libanaises).
Cordialement
Linda DIB
Mon sujet de thèse est un sujet bio-informatique relié à la biologie moléculaire. Il traite l'analyse des séquences protéiques et la prédiction de résidus biologiquement importants par le biais de la co-évolution. Ainsi nous avons défini une méthode combinatoire appelée BIS qui évalue la co-évolution entre paires de résidus et entre paires de blocs de résidus au sein de séquences peu divergentes et/ou peu nombreuses. La méthodologie a été formalisée, implémentée et testée sur plusieurs familles protéiques telles que les sous familles SF1 et SF2 de AATPase, le domaine B de la protéine A, le ßpeptide de l’amyloid. La méthode a prédit des résidus structuralement et/ou fonctionnellement important pour la protéine.
Ce travail répond à plusieurs questions :
- Pourquoi les méthodes de prédiction actuelles n'obtiennent pas toujours les mêmes prédictions?
- Le signal de co-évolution prédit-il uniquement des signaux d'allostérie?
- La combinatoire des mots est-elle une alternative aux méthodes statistiques? Dans quels cas?
- Les séquences conservées peuvent-elles être utilisées pour évaluer la co-évolution?
- L'évaluation de la co-évolution entre blocs de résidus permet-elle de prédire les fragments fonctionnellement importants?
Bien que BIS ne soit pas une méthodologie qui traite l’évolution, elle démontre par exemple la prédiction des motifs des différentes sous-familles SF1 et SF2 de AAATPase et leur corrélation. La similarité de structure et l’arrangement de ces motifs suggèrent que SF1 et SF2 ont probablement évoluées à partir d’un même ancêtre commun. Le noyau catalytique des hélicases SF1 et SF2 forment des repliements presque identiques et affichent une grande similitude de structure. BIS analyse les noyaux catalytique des hélicases et met en évidence la co-évolution des blocs spécifiques dans ces domaines. Ces blocs sont en accord avec les motifs manuellement identifiés par Jankowsky. Nous avons examiné 11 sous-famille : SF1 (3) et SF2 (8). Les alignements sont identiques à [43, 44]. Pour la plupart des réseaux de co-évolution sont localisés dans les quatorze motifs identifiés dans par Jankowsky. Nous avons observé plusieurs tendances communes aux différentes sous-familles de SF1 et SF2 : 1. la co-évolution des blocs chevauche majoritairement des motifs existants ; 2. un motif impliqué dans deux ou plusieurs signaux de co-évolution suggère un multiple rôle fonctionnel/structural ; 3. dans certaines familles, certains motifs énoncés par Jankowsky n’appartiennent pas aux signaux de co-évolution.
Bien que BIS ne soit pas une méthodologie structurale, elle démontre par exemple la prédiction du repliement de la structure secondaire du domaine B de la protéine A. Notre résultat coïncident avec les analyses de Fersht. Il serait alors, très intéressant d'avoir le point de vue d'un spécialiste du domaine.
PLAN de Jussieu et salle de soutenance:
Adresse :
Amphitéâtre Herpin
Batiment d'Esclangon
4 Place Jussieu
Paris
Transports en commun :
métro Jussieu lignes 7 et 10